Quando a sífilis secundária não é tratada, a doença se agrava, levando a um quadro preocupante de sífilis tardia ou terciária, que se não for tratada, pode afetar o sistema nervoso central, os ossos e também o coração.

O estágio terciário da sífilis é raro se o tratamento tiver sido bem feito. Porém um terço dos pacientes que não receberam tratamento evoluem para as forma de sífilis terciária após um período sem sintomas de 5 anos ou mais. Existem três formas de sífilis terciária, com peculiaridades próprias: a sífilis cardiovascular; a neurossífilis e sob a forma de goma sifilítica.